物理消毒
一、紫外线消毒
常用形式：在车间顶棚上均布紫外线杀菌灯，利用其产生的紫外线辐射进行物体表面和空气的消毒灭菌
二、空气过滤
空气过滤是利用物理阻留的方法去除空气介质中的尘埃和微生物。
食品制造中，特别是包装工序，应该进行无菌(净化)包装时，要求有净化的环境(净化室)，共中的净化装置对空气的净化效果是十分明显的。这种净化室是把经过过滤后的空气再净化进入特定的环境，经热杀菌后的食品进入该环境冷却后包装。这里的食品包装净化环境相当于实验室内的超净工作台，可做到无菌包装。
化学消毒
一、化学剂熏蒸消毒
熏蒸消毒是利用消毒药物气体或烟雾，在密闭空间内进行熏蒸达到消毒目的。该方法既可用于处理室内空气(污染的空气)，亦可用于处理污染的表面。食品生产经营场所应定期实施熏蒸消毒，以保证生产场所及空气的清洁。
二、臭氧消毒
二氧化氯消毒
第四代含氯而非氯制剂的过氧化物类消毒剂；以分子形式存在，氧化杀菌，不生成氯仿等有机卤代物；
