五笔输入法86版和98版的主要区别如下：
功能不同。86版具有“抓屏造词”与“即造即用”等功能，可以方便地维护词库与码表；而98版则不具备这些功能。
码元设置不同。86版增加了大量的有用的字根，例如“夫”，有了它使得潜、扶、年、制等字特别好打。
处理汉字数量不同。86版只能处理国标简体字的6763个字，而98版不仅可以处理国标简体字中的6763个字，而且还可以处理BIG5码的13053个繁体字以及中、日、韩3国大字符集中的21003个汉字。
字根选取不同。86版的字根选取不够规范，例如需要拆分的“末”、“甘”、“气”、“毛”、“丘”、“夫”、“羊”、“母”等字根，在98版中都作为一个字根，可整字取码。
编码规则不同。86版需要先拆分字根，在拆分时常与语言文字规范产生矛盾。而98版的“无拆分编码法”将总体形似的笔划结构归为同一字根，一律用字根来描述汉字笔划结构的特征，使编码规则更加简单明了。
总的来说，五笔输入法86版和98版各有其特点。选择哪个版本取决于用户的需求和习惯。
